| 五代十国时，战乱迭起，昭觉寺仅存“房舍五间，田土三百廛”。后殿堂衰颓，寺庙荒芜。北宋真宗大中祥符元年(1008年)，休梦法师五世法嗣延美禅师住持昭觉，用了30多年的时间进行全面修复，殿堂房舍增至300余间，建有大雄宝殿、唱梵堂、罗汉堂、六祖堂、翊善堂、列宿堂、大悲堂、轮藏阁等主体建筑，塑像、画像、碑记、寺额等恢复旧貌。寺内经济实力雄厚。李畋《重修昭觉寺记》中载道：“供食之丰洁，法席之华焕，时一大会，朝饭千众，累茵敷座，未有一物，爱假外求”。神宗元丰末年(1085年)，禅宗临宗禅师纯白任昭觉寺住持，开堂说法，从者甚多，被称为“西川第一丛林”。宋徽宗崇宁年间(1102-1106年)及南宋产高宗绍兴初年(1131年)，圆悟克勤(原号佛果克勤)两度住持昭觉寺，绍兴五年(1135年)在昭觉寺圆寂。至今寺内尚存圆悟禅师墓。圆悟克勤所著《圆悟心要》、《茶禅一味》传入日本和东南亚各国，日本人至今把《茶禅一味》尊为茶道至宝。
明朝洪武二十年(1387年)，朱元璋命蜀献王迎接智润禅师任昭觉寺住持，并扩建寺庙。据清代李羽中霭《重修昭觉寺记》记载：“明蜀献王又拓之，周围墙垣缭绕七百余丈，绀殿绮云，金身撑汉，以致藏阁僧廊，诸天佛祖，莫不宏丽俱备。”崇祯十七年(1644年)毁于兵火。
清康熙二年(1663年)，丈雪法师在此结茅禅居，筹款重建，先后修建了大雄宝殿、圆觉殿、天王殿、金刚殿、说法堂、藏经楼、八角亭等殿宇，重塑佛像，迎请佛经，恢复丛林大观。康熙十二年(1673年)，佛冤法师任昭觉寺住持，又继建先觉堂、御后楼、五观堂，客堂、钟鼓楼及寮房300余间。佛冤还受清朝政府派遣，深入阿坝、松潘等藏族地区近6年之久，受到藏族群众的尊敬。回川时，藏胞送他乳诲(椰飘)一支、念珠一串。回昭觉寺后他把它的悬挂在大雄宝殿上，以示友好。康熙四十一年(1702年)，佛冤年迈时，派弟子去松潘迎请藏族格西竹峰入主昭觉，成为修复后的第三任方丈。竹峰在寺内设密坛，供蒙藏族喇嘛僧人修持密法。直至今日，藏僧来成都大都住在寺内。康熙四十二年(1703年)，康熙皇帝赐昭觉寺“法界精严”匾额，并题五言律诗一道赞之：
入门不见寺，十里听松风。香气飘金界，清阴带碧空。
霜皮僧腊老，天籁梵音通。咫尺蓬莱树，春光共郁葱。
1919年，朱德曾在昭觉寺避难，与当时方丈了尘法师相交甚深，他住在现寺内的八仙堂。离寺后曾赠“应世人间”匾额给昭觉寺。中华人民共和国成立后还多次赠兰花等物予寺。
近代画家张大千先生曾在昭觉寺住了4年，潜心研究绘画艺术，也给寺内留下了不少珍贵手迹。
中华人民共和国成立后，昭觉寺受到党和政府的关怀和重视，方丈慈青任四川省、成都市佛教协会会长，并当选为人大代表。
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昭觉寺
